Pověřenec nemůže v organizaci, kde působí, zastávat funkci, v níž by byl nucen stanovovat účely a prostředky zpracování osobních údajů. Vzhledem k organizační struktuře specifické pro každou organizaci je potřeba položenou otázku řešit případ od případu.

Obecně však lze říci, že v konfliktním postavení mohou být nejčastěji pozice ve vyšším managementu (výkonný ředitel, provozní ředitel apod.). Střet zájmů ale může nastat i v případech, kdy by pověřenec pro ochranu osobních údajů zastával v dané organizaci pozici na nižším stupni organizační struktury, pokud v takovém postavení dochází k rozhodování o účelech a prostředcích zpracování osobních údajů (např. HR asistent či IT specialista).