Havárií podle § 40 vodního zákona se rozumí mimořádné, tedy nahodilé, náhlé zhoršení nebo ohrožení jakosti povrchových nebo podzemních vod. Vodní zákon havárii spojuje toliko s jakostí vod, nemůže za ní být tedy označena mimořádná událost vedoucí ke snížení množství nebo ohrožení kvantity povrchových nebo podzemních vod, byť by byla závažná, tedy splnila by druhý definiční znak. Za mimořádné závažné ohrožení jakosti vod pak lze považovat ohrožení vzniklé neovladatelným vniknutím závadných látek, popřípadě odpadních vod do prostředí souvisejícího s povrchovou nebo podzemní vodou nebo přímo do těchto vod. Každý případ však je třeba posoudit individuálně a podle konkrétních okolností (zejm. množství a nebezpečnosti uniklé závadné látky, výskytu povrchových nebo podzemních vod v místě úniku) jej označit za havárii podle § 40 vodního zákona.

Je třeba zdůraznit, že havárií je mimořádné závažné zhoršení (ohrožení) jakosti vod, nikoliv tedy jakékoliv zhoršení (ohrožení) jejich jakosti. Za havárii proto nelze považovat např. běžné úniky pohonných hmot v rámci dopravního provozu. Oproti tomu by mohl být za havárii považován případ dopravní nehody cisterny převážející závadné látky, pokud by se v místě nehody např. nacházel vodní zdroj.

Z pohledu obecné definice lze, byť bez explicitního zákonného vyjádření, rozlišit dva typy havárií. Havárii ohrožovací, kdy nedojde k úniku závadných látek nebo odpadních vod přímo do povrchových nebo podzemních vod, ale pouze do prostředí s těmito vodami souvisejícího (typicky do horninového prostředí), a havárii poškozovací, při které již dochází k úniku závadných látek či odpadních vod přímo do povrchových nebo podzemních vod.

Za havárii je třeba považovat stav krátkodobý, který se zpravidla v řádu hodin či dnů, buď díky přirozeným procesům nebo v důsledku provedených bezprostředních opatření (§ 41 vodního zákona), navrací do svého původního stavu. Přeroste-li změna ve stav dlouhodobý, lze již hovořit o vzniku závadného stavu, jehož může být havárie příčinou (srov. § 42 odst. 2 vodního zákona), popř. ekologické újmy podle zákona č. 167/2008 Sb.

Za havárii se podle § 40 odst. 2 vodního zákona vždy považují případy závažného zhoršení nebo mimořádného ohrožení jakosti povrchových nebo podzemních vod ropnými látkami, zvlášť nebezpečnými závadnými látkami, popřípadě radioaktivními zářiči a radioaktivními odpady, nebo dojde-li ke zhoršení nebo ohrožení jakosti – tedy vniknutí těchto látek – do povrchových nebo podzemních vod v chráněných oblastech přirozené akumulace vod (§ 28 vodního zákona) nebo v ochranných pásmech vodních zdrojů (§ 30 vodního zákona). Dojde-li k poruše či závadě na zařízení sloužícího k zachycování, skladování, dopravě a odkládání látek uvedených v § 40 odst. 2 vodního zákona, a následnému vniknutí těchto látek do prostředí způsobilého ohrozit jakost povrchových nebo podzemních vod (§ 40 odst. 3 vodního zákona), je samotné vniknutí těchto látek do tohoto prostředí považováno za havárii, a to bez dalšího (správního uvážení).