Stěžejním nástrojem pro eliminaci nebezpečí vzniku povodňových škod hrozících v důsledku provozování vodních děl je manipulační řád, který je vydáván individuálně pro každé vodní dílo s ohledem na jeho specifické parametry, a který je na časově omezenou dobu schvalován vodoprávním úřadem [srov. § 59 odst. 1 písm. a), odst. 3, § 84 odst. 1 písm. f) a § 115 odst. 18 vodního zákona]. Manipulační řád schvaluje vodoprávní úřad rozhodnutím, zatímco provozní řád vodního díla se neschvaluje, avšak musí být zpracován a v některých případech předložen vodoprávnímu úřadu [srov. § 15 odst. 3 nebo § 15a odst. 2 písm. h) vodního zákona]. Náležitosti manipulačních (ale i provozních) řádů stanoví vyhláška č. 216/2011 Sb.

Před prováděním plánovaných protipovodňových opatření je třeba postupovat podle platného manipulačního řádu a v jeho mezích. Zejména si je třeba ujasnit, zda není na místě předložit vodoprávnímu úřadu žádost o schválení nového manipulačního řádu zohledňujícího aktuální technický stav vodního díla a na něj působících vlivů z okolí. Vyřešení těchto provozně-technických záležitostí by mělo předcházet vlastnímu vypouštění či jiné manipulaci s vodním dílem. Zákon neuvádí konkrétní časové intervaly, ve kterých by mělo k aktualizaci manipulačního řádu dojít. Vyhodnocení jeho aktuálnosti je tak ponechána na provozovateli vodního díla, který musí vždy vycházet z aktuální situace, reflektovat provedené stavebně technické úpravy na vodním díle, terénní úpravy v okolí, které by při povodni mohly ovlivnit odtokové poměry, zohlednit výsledky technickobezpečnostního dohledu (srov. vyhlášku č. 471/2001 Sb.) apod.

Podle § 60 vodního zákona jsou vlastníci sousedních pozemků sousedících s vodním dílem povinni po předchozím projednání s nimi umožnit za účelem provozu a provádění údržby vodních děl v nezbytném rozsahu vstup a vjezd na své pozemky těm, kdo jejich provoz či údržbu zajišťují. Není nutné, aby při tomto projednání došlo k dohodě mezi příslušnými osobami, resp. k získání písemného souhlasu. Uvedená povinnost trvá i v případě, že k dohodě nedojde. Trvání povinnosti však neimplikuje ztrátu práva vlastníka dotčeného pozemku na náhradu škody, která vstupem na pozemek případně vznikne (srov. nález Ústavního sodu ze dne 21. 11. 2007, sp. zn. IV. ÚS 652/06).

Jinou situací je situace, kdy má dojít k cílenému zaplavení cizích nemovitých věcí, například v důsledku cíleného vypuštění rybníka. V takové případě je opět nutné zajistit předchozí souhlasy vlastníků dotčených nemovitých věcí, resp. se pokusit s vlastníky o uzavření předběžné dohody a o provádění zabezpečovacích prací je informovat. Nelze-li souhlas vlastníka/vlastníků zajistit, bude jej zřejmě nutné získat soudní cestou. Zabezpečovací práce je možné provést bez předchozího souhlasu také při splnění všech podmínek institutu krajní nouze (přímo hrozící nebezpečí, subsidiarita, proporcionalita; srov. například rozsudek Nejvyššího správního soudu ze dne 7. 11. 2013, č. j. 7 As 29/2013 - 24, či ze dne 9. 12. 2014, č. j. 2 As 116/2014- 35). Jedná se však o mimořádné řešení. Náklady plynoucí z realizace zabezpečovacích prací nese vlastník vodního díla, popř. jeho provozovatel vyplývá-li to z jejich smluvního ujednání.