Vypouštění odpadních vod do vod podzemních upravuje v obecné rovině § 38 odst. 9 zákona č. 254/2001 Sb., o vodách a o změně některých zákonů (vodní zákon), ve znění pozdějších předpisů. Citované ustanovení zakazuje přímé vypouštění odpadních vod do podzemních vod. Vypouštění odpadních vod neobsahujících nebezpečné závadné látky nebo zvlášť nebezpečné závadné látky (§ 39 odst. 3 vodního zákona) z jedné nebo několika územně souvisejících staveb pro bydlení, staveb pro rodinnou rekreaci nebo z jednotlivých staveb poskytujících ubytovací služby, vznikajících převážně jako produkt lidského metabolismu a činností v domácnostech, přes půdní vrstvy do vod podzemních lze nicméně povolit, pokud není v daném případě technicky možné nebo s ohledem na zájmy chráněné vodním zákonem nebo jinými právními předpisy možné nebo žádoucí, vypouštění odpadních vod do vod povrchových. Povolení vypouštění odpadních vod do vod podzemních nelze vydat bez souhlasného vyjádření osoby s odbornou způsobilostí (hydrogeologa), která posoudí vliv vypouštění odpadních vod na jakost podzemních vod. Maximální povolené množství odpadních vod vypouštěné z jedné nebo několika územně souvisejících staveb pro bydlení nesmí celkově přesáhnout 15 m3/den.

Možnost vypouštění odpadních vod přes půdní vrstvy do vod podzemních je s ohledem na výše uvedené třeba vnímat jako možnost zcela výjimečnou, která je limitována řadou podmínek – vypouštění předčištěných odpadních vod skrze půdní filtr, z omezeného okruhu staveb, nelze-li zneškodňovat odpadní vody jinak, tedy vypouštěním odpadních vod do vod povrchových či kanalizace nebo pokud nelze realizovat jímání odpadní vody a vývozem na čistírnu odpadních vod. Vodní zákon zakotvuje také maximální povolené množství vypouštěných odpadních vod a předpokládá zpracování hydrogeologického posudku, který je povinnou součástí žádosti o povolení k vypouštění odpadních vod do vod podzemních. Také k vypouštění odpadních vod do vod podzemních je totiž třeba získat povolení vodoprávního úřadu (§ 38 odst. 5 vodního zákona), které stanoví podmínky, za kterých lze odpadní vody vypouštěním do vod podzemních likvidovat.

Toto povolení k nakládání s vodami [§ 8 odst. 1 písm. c) vodního zákona] je vydáváno ve společném řízení s povolením stavby – čistírny odpadních vod (§ 15 odst. 1 vodního zákona), v případě čistíren odpadních vod do kapacity 50 ekvivalentních obyvatel, jejichž podstatnou součástí jsou výrobky označované CE podle přílohy č. 2 nařízení vlády č. 57/2016 Sb., nařízení vlády o ukazatelích a hodnotách přípustného znečištění odpadních vod a náležitostech povolení k vypouštění odpadních vod do vod podzemních, postačí ohlášení vodoprávnímu úřadu (§ 15a vodního zákona). Jestliže vodoprávní úřad s provedením ohlášeného vodního díla souhlasí, má se za povolené i nakládání s vodami (§ 15a odst. 7 vodního zákona).

Formulář žádosti o povolení vypouštění odpadních vod do vod podzemních, stavebního povolení k vodnímu dílu (čistírně odpadních vod), jakož i formulář ohlášení certifikovaného vodního díla stanoví vyhláška č. 183/2018 Sb., o náležitostech rozhodnutí a dalších opatření vodoprávního úřadu a o dokladech předkládaných vodoprávnímu úřadu, ve znění pozdějších předpisů.

Vypouštění odpadních vod do vod podzemních bez povolení vodoprávního úřadu může být v případě fyzické osoby postiženo podle § 116 odst. 1 písm. b) vodního zákona pokutou do 100 000 Kč [§ 116 odst. 2 písm. c) vodního zákona]. V případě protiprávního jednání právnické osoby či osoby fyzické podnikající pak podle § 125a odst. 1 písm. b) vodního zákona pokutou do 500 000 Kč [§ 125a odst. 2 písm. d) vodního zákona].