V případě, že uživatel [§ 2 písm. d) vyhlášky č. 450/2005 Sb.] za 1. zachází se závadnými látkami “ve větším rozsahu” nebo za 2. je zacházení se závadnými látkami spojeno se „zvýšeným nebezpečím pro povrchové nebo podzemní vody”, ukládá mu vodní zákon nad rámec povinnosti uvedené v § 39 odst. 1 (a také v odstavci 4) další povinnosti, a to:

1. vypracovat havarijní plán a (kumulativně) předložit jej ke schválení příslušnému vodoprávnímu úřadu;
2. provádět záznamy o provedených opatřeních a tyto záznamy uchovávat po dobu 5 let.

Zacházením se závadnými látkami „ve větším rozsahu“ se podle § 2 písmeno b) vyhlášky č. 450/2005 Sb., rozumí zacházení se závadnými látkami v kapalném skupenství v zařízení s celkovým množstvím v něm obsažených závadných látek nad 1000 l včetně nebo v přenosných, k tomu určených, obalech s celkovým množstvím v nich obsažených závadných látek nad 2000 l včetně, a to v kterémkoliv okamžiku. O zacházení s pevnými závadnými látkami ve větším rozsahu se nejedná, je-li s nimi nakládáno v kterémkoliv okamžiku v celkovém množství závadných látek do 2000 kg včetně. Dále se o zacházení se závadnými látkami ve větším rozsahu nejedná, je-li nakládáno

1. s uhlovodíky ropného původu jako pohonnými hmotami při provozu jednotlivých dopravních prostředků silniční, drážní, vodní a letecké dopravy a mobilních mechanizačních prostředků včetně provozu vojenské techniky a materiálu, nebo
2. s hnojivy a přípravky na ochranu rostlin při jejich přímé aplikaci.

Zacházením se závadnými látkami, „které je spojeno se zvýšeným nebezpečím pro povrchové nebo podzemní vody” se podle § 2 písmeno c) vyhlášky č. 450/2005 Sb., rozumí zacházení s nebezpečnou závadnou látkou nebo zvlášť nebezpečnou závadnou látkou, a to v ochranných pásmech vodních zdrojů I. a II. stupně, v ochranných pásmech přírodních léčivých zdrojů a zdrojů přírodních minerálních vod, v záplavových územích, na vodních tocích či vodních nádržích nebo v jejich blízkosti nebo v bezprostřední blízkosti kanalizačních vpustí a šachet svedených do kanalizace pro veřejnou potřebu nebo do povrchových vod. O zacházení se závadnými látkami, které je spojeno se zvýšeným nebezpečím pro povrchové nebo podzemní vody, se nejedná, je-li v uvedených oblastech nakládáno

1. se zvlášť nebezpečnými závadnými látkami v kapalném skupenství v zařízení s celkovým nejvyšším množstvím v kterémkoliv okamžiku v něm obsažených zvlášť nebezpečných závadných látek v kapalném skupenství do 10 l včetně nebo v pevném skupenství do 15 kg včetně nebo v přenosných, k tomu určených, obalech s celkovým nejvyšším množstvím v nich obsažených zvlášť nebezpečných závadných látek do 15 l včetně,
2. s nebezpečnými závadnými látkami v kapalném skupenství v zařízení s celkovým nejvyšším množstvím v kterémkoliv okamžiku v něm obsažených závadných látek v kapalném skupenství do 250 l včetně nebo v pevném skupenství do 300 kg včetně nebo v přenosných, k tomu určených, obalech s celkovým nejvyšším množstvím v nich obsažených nebezpečných závadných látek do 300 l včetně,
3. s uhlovodíky ropného původu jako pohonnými hmotami při provozu jednotlivých dopravních prostředků silniční, drážní, vodní a letecké dopravy a mobilních mechanizačních prostředků včetně provozu vojenské techniky a materiálu, nebo
4. s hnojivy a přípravky na ochranu rostlin při jejich přímé aplikaci.

Pro zajištění plné použitelnosti a účinnosti havarijního plánu je nezbytné vzít při jeho zpracování v úvahu všechny závadné látky, s nimiž uživatel zachází. Náležitosti havarijního plánu upravuje § 5 a § 6 vyhlášky č. 450/2005 Sb. Havarijní plán či havarijní plány schvaluje v souladu s § 106 vodního zákona obecní úřad obce s rozšířenou působností, v jehož územní působnosti k nakládání se závadnými látkami dochází.