Podle § 46 vodního zákona je zakázáno měnit směr, podélný sklon a příčný profil koryta vodního toku, poškozovat břehy, těžit z koryt vodních toků zeminu, písek nebo nerosty a ukládat do vodních toků předměty, kterými by mohlo dojít k ohrožení plynulosti odtoku vod, zdraví nebo bezpečnosti, jakož i ukládat takové předměty na místech, z nichž by mohly být splaveny do vod. Uvedený zákaz se nevztahuje na případy, kdy jsou činnosti prováděny „v souladu s tímto zákonem“ (§ 46 odst. 2).

Z § 46 vodního zákona vyplývá, že vytěžování zeminy z koryt vodních toků je obecně zakázáno. Tento zákaz neplatí pouze v případech, kdy je inkriminovaná činnost prováděna v souladu s vodním zákonem. Tak tomu bude zejména tehdy, bude-li činnost předmětem povolení vodoprávního úřadu vydaného formou správního rozhodnutí ve vodoprávním řízení [§ 14 odst. 1 písm. b) vodního zákona]. Povolení nemusí mít podle § 14 odst. 2 vodního zákona správce vodního toku při činnostech souvisejících s jejich správou, tedy například při odstraňování povodňových škod vzniklých v korytech vodních toků při povodni [§ 83 písm. m) vodního zákona], při provádění úprav koryta vodního toku, které byly na základě územního rozhodnutí o umístění stavby povoleny příslušným vodoprávním úřadem (§ 15 vodního zákona), při realizaci vodohospodářských úprav na ohlášení (§ 15a vodního zákona) nebo případně při jiných činnostech souvisejících se správou vodních toků a vyplývajících z jeho povinností správce (zejm. § 47 odst. 2 nebo odst. 4 vodního zákona). Tím se pozice správce vodního toku liší od pozice jiných fyzických a právnických osob, které by tutéž činnost mohly provádět jen na základě rozhodnutí vodoprávního úřadu [§ 14 odst. 1 písm. b), odst. 2 a contrario vodního zákona]. Nicméně i v případě, že správce vodního toku může určitou činnost provádět zcela bez rozhodnutí či souhlasu vydávaných na základě vodního zákona, neznamená to, že by nemusel disponovat rozhodnutím vyžadovaným na základě jiného zákona, pokud by prováděním dané činnosti zasahoval do zájmů tímto zákonem chráněných. Proto, může-li v souvislosti s pracemi v korytě vodního toku dojít k potenciálnímu zásahu do vývoje některých zvláště chráněných druhů rostlin a živočichů, musí si i správce vodního toku opatřit rozhodnutí o výjimce podle § 56 zákona o ochraně přírody a krajiny (dále jen „ZOPK“). Jak uvedl Nejvyšší správní soud ve svém rozsudku ze dne 17. 4. 2019, č. j. 4 As 23/2019 - 38, „povinnost získat výjimku podle § 56 ZOPK má i instituce vykonávající státní správu, pokud by v rámci výkonu státní správy mohlo dojít k ohrožení zvláštně chráněných rostlin nebo živočichů, a to i v případě, kdy tato instituce vydává tuto výjimku pro svoji vlastní činnost“. Tím spíš bude mít tuto povinnost správce vodního toku, který nevykonává státní správu, ale který vykonává jiné činnosti uložené vodním zákonem, mezi které patří i údržba koryt vodních toků [§ 47 odst. 2 písm. d) vodního zákona], při které v konkrétních případech může docházet k ohrožení zvláštně chráněných rostlin nebo živočichů.

Podle § 125a odst. 1 písm. o) vodního zákona platí, že „právnická nebo podnikající fyzická osoba se dopustí správního deliktu tím, že poruší zákaz podle § 46 odst. 1“ [pro fyzické osoby je obdobný přestupek zakotven v § 116 odst. 1 písm. n) vodního zákona]. Je třeba zdůraznit, že znakem skutkové podstaty tohoto přestupku není absence souhlasu orgánu ochrany přírody, nýbrž konání činností vymezených v § 46 odst. 1 vodního zákona, jež se týkají samotné úpravy koryt vodních toků. Absence citovaného souhlasu vydávaného podle ZOPK lze nicméně podřadit pod skutkovou podstatu přestupku uvedenou v § 88 odst. 2 písm. n) ZOPK. V konkrétním případě by se tak mohlo jednat o jednočinný souběh a trest by byl uložen ve dvou správních řízeních. Jeden orgán by vedl řízení o uložení pokuty za porušení ZOPK, druhý orgán by vedl řízení o uložení pokuty za porušení vodního zákona. Jednáním by totiž došlo k ohrožení rozdílných zájmů, které jsou stanoveny rozdílnými právními předpisy.