Jaký byl nejvýznamnější daňový judikát roku 2025?

V únoru vydal rozšířený senát Nejvyššího správního soudu usnesení (č. j. 1 Afs 231/2022-44 ze dne 05.02.2025), které zasahuje do zavedené správní praxe finančních úřadů, dříve nastavené dle judikatury Ústavního soudu. Změna je to pro daňové subjekty bohužel spíše k horšímu.

NSS vyslovil dva závěry: v prvním vyložil dopady dnes již staršího nálezu Ústavního soudu (sp. zn. I. ÚS 3244/09 ze dne 10.03.2011), který zjednodušeně říkal, že pokud je předmětem daňového řízení nárok daňového subjektu (typicky nárok na nadměrný odpočet na DPH) a toto řízení neskončí v prekluzivní lhůtě pro stanovení daně pravomocným rozhodnutím o dani, má daňový subjekt automaticky nárok dostat to, co tvrdil (tj. co si nárokoval) ve svém daňovém přiznání.

Uvedený nález Ústavního soudu se vztahoval k případu, dle dnes již neplatného zákona o správě daní a poplatků (platného a účinného do 31.12.2010). Nicméně Ústavní soud v něm výslovně uvedl, že se jeho závěry mají použít i na daňová řízení dle daňového řádu (č. 280/2009 Sb.), který je platný a účinný dodnes. Tímto způsobem byl nález chápán a vykládán. Generální finanční ředitelství v reakci na něj vydalo metodiku pro finanční úřady, kde výše uvedený závěr přijalo do praxe a nastavilo pro jeho aplikaci nezbytné interní procesy.

Rozšířený senát Nejvyššího správního soudu nyní ale v rozporu s tím vyložil, že tento závěr neplatí a podle současného daňového řádu daň po uplynutí lhůty pro stanovení daně nelze stanovit vůbec, a tedy ani čistě ve prospěch daňového subjektu.

Rozšířený senát to odůvodnil odlišnou procesní technikou tzv. „konkludentního“ stanovení daně, v čemž má samozřejmě pravdu. Nicméně i přes to je výsledkem otočení aktuální zavedené správní praxe o 180 stupňů. Již v roce 2011, kdy vyšel nález Ústavního soudu, bylo jasné, že procesní technika tzv. „konkludentního“ stanovení daně dle daňového řádu je odlišná od tohoto způsobu stanovení daně dle zákona o správě daní a poplatků a nepochybně proto při vědomí této skutečnosti učinil Ústavní soud své výše uvedené závěry a na tento jeho názor pak navázala i judikatura Nejvyššího správního soudu, která jej potvrdila.

Druhým závěrem NSS je, že pokud daňový subjekt podá v posledním roce 10leté prekluzivní lhůty pro stanovení daně dodatečné daňové přiznání na nižší daň, pak se tato lhůta (jinak v zásadě nepřekročitelná) prodlouží o 1 rok, aby měl správce daně čas tvrzení uvedená v tomto přiznání posoudit a nárok na snížení daně daňovému subjektu přiznat nebo jej vyvrátit.

To je velmi revoluční závěr, neboť soud v tomto případě použil analogii zákona k prodloužení 10leté propadné lhůty, která jinak bez zcela jasné a výslovné právní úpravy prodloužena či prolomena být nemůže. Současně však zdůraznil, že důsledky tohoto prodloužení nemohou jít v neprospěch daňového subjektu, tj. nemůže mu být v této prodloužené lhůtě zvýšena jeho daňová povinnost.

Podle některých názorů odborné veřejnosti tento druhý závěr potenciálně otevírá Pandořinu skříňku nekonečného prodlužování lhůty pro stanovení daně, protože pokud se může najít důvod pro „výjimečné“ prodloužení v 10. roce (pročež překračujeme jinak nepřekročitelné), nemůže se pak najít stejně závažný důvod i v 11. roce a dalších letech? Tento závěr je zajímavý rovněž v tom, že rozšířenému senátu na daný problém otázka položena vůbec nebyla, a tedy závěr byl učiněn nad rámec toho, co měl rozšířený senát dle zadání řešit. Někteří odborníci z toho pak dovozují menší závaznost tohoto druhého závěru.

Už v případě závěrů odkazovaného nálezu Ústavního soudu z roku 2011 (který umožnil stanovit daň po uplynutí „nepřekročitelné“ prekluzivní lhůty pro stanovení daně) se z právního hlediska jednalo o zcela nesystémový krok, kterému se správní soudy v čele s Nejvyšším správním soudem původně silně bránily. Ostatně proto se daná věc tehdy vůbec dostala před Ústavní soud. Ale rozumím, že závěry Ústavního soudu mají určitý spravedlivý základ v myšlence, že za řádný průběh daňového řízení odpovídá správce daně, a pokud zahájí kontrolní postupy, tj. určitým způsobem zpochybní nárok daňového subjektu, ale následně o tomto nároku nestihne v určené lhůtě definitivně rozhodnout, neměl by za tento stav „pykat“ daňový subjekt tím, že si následně musí jít svůj nárok uhájit ještě do navazujícího řízení o náhradu škody. Tento závěr byl přijat a implementován do správní praxe Finanční správy, byla k němu vydána metodika atd. A v souladu s tímto závěrem pak v řadě rozhodovaly i správní soudy (byť nikoli výhradně).

V tuto chvíli je proto opačný verdikt uvedený v prvním výroku rozšířeného senátu z února tohoto roku pro odborníky a praktiky do jisté míry překvapivý, a hlavně narušující již zavedenou kontinuitu. Proto také vyvolal v odborné veřejnosti velké diskuze.