V rámci rozhodování o vylučovací žalobě je rovněž nutno rozhodnout o nákladech řízení. Vzhledem ke skutečnosti, že řízení o vylučovací žalobě je řízením sporným, i zde lze tedy v zásadě o náhradě nákladů řízení rozhodovat dle úspěchu účastníků ve věci. K otázce náhrady nákladů řízení o excindační žalobě se nezřídka vyjadřoval i Ústavní soud ve své rozhodovací praxi.